小智和皮卡丘以及他们的同伴在旅途中前进。有一天,宝可梦波尔克尼安从天而降,被迫和小智关在一起。Polkenyon和被人类伤害的宝可梦人住在一起,所以他非常讨厌人类,但这条神奇的链条让他们形影不离,精彩的故事从这里开始。
故事围绕着沉默的出租车司机“Ogogawa”和各种古怪的乘客展开,最终导致了一名高中女孩失踪的真相。
故事描述女主角小樱(木之本樱)与男朋友小狼(李小狼)和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了,一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了, 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下,小樱重新踏上了收集透明牌的故事。