大学一年级学生·都仓碧因机缘巧合而来到咖啡厅“Rainy Color”打工。 在那里,他遇到了冷酷的帅哥岩濑启一、举止轻率的樱木凉太、温柔又是女性杀手的“Rainy color”老板古贺紫苑、以及过于自由奔放的店主天见浩司。
无奈之下,他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘(由大谷幸雄配音)。皮卡丘,也被称为电老鼠,虽然外表可爱,但性格腼腆内向,与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠,暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前,神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗?小智能如愿成为神奇宝贝大师吗?