虽然阿丽莎已经异形化,并且犯下了滔天的罪行,但欧菲依然相信自己能够找到让姐姐恢复原状的方法。 在旅途中,欧菲邂逅了开朗又活泼的大小姐克丽奥(大久保瑠美 配音),和非常崇拜欧菲,拜他为师的青年马吉克(小林裕介 配音),三人结伴而行,与此同时,欧菲的师父查尔德曼也集结了曾经的一群战友,决定正式启动讨伐阿丽莎的计划。
传说中的部队——创形者队拯救了EL潜行者的第2次志愿者联盟战已经过去两年。 曾经的战场——高达模型联网对战(GBN)在经过版本升级后,加入了感觉反馈功能,代入感也得到进一步提升。不过也有很多潜行者并非出于跟风,而是怀揣各自想法进入这一世界。
有着复杂家庭环境的男主人公夏目直树在三年前的一次飞机失事中幸存下来,并开始被自称守护者的青梅竹马水井野神所依靠,搬进了他哥哥夏目直木曾经住过的鬼屋。