在人类、妖怪、混沌三种势力相互并存争斗的世界里,伴随着现实总数和负熵的崩溃。从杰巴沃克的迷宫中逃离的美少女筝,在持续追寻着“黑兔”的踪影,另外还有各种各样的人们跟筝一样也在追寻着“黑兔”。在时间静止的京都这个舞台上,一场幻想动作剧即将上演。
对于平淡无聊的日常生活无法忍受的她,创立了一个不可思议的社团——让世界变得更热闹的凉宫春日的团,通称SOS团。 虽然同班同学阿虚、寡言读书少女长门有希、萌萌学姐朝比奈实玖瑠、神秘转校生古泉一树等人都被她牵扯进来,但是阿虚以外的三人却有着凉宫春日不知道的大秘密。