当巴达克再次醒来,却发现自己躺在一颗与贝吉塔行星极其相似的星球上,身边环绕的则是一群从未见过的外星生物。种种迹象表明,巴达克似乎意外回到了久远以前的贝吉塔行星——普朗特行星。 正当他倍感困扰之际,邪恶的外星人袭击普朗特,他们是宇宙海贼齐尔德的手下,妄想统治普朗特并夺取具有神奇治愈能力的药物。冷酷无情的巴达克不可避免地卷入宿命的战争之中……
故事发生在遥远的26世纪。外科医生伊德(克里斯托弗·沃尔茨克里斯托弗·沃尔兹饰)抱起一个只剩下头的机械女孩,把她带回家。她安装了最初为她死去的女儿准备的尸体,取名为Alita(罗莎·萨拉扎尔饰)。
她提议把南云送到学校的大学宿舍担任社会管理职位,这样南云不仅可以找到住处,还可以工作养活自己。就这样,南云开始了他的女儿们的宿舍经理生涯,并遇到了非常可爱的女孩,如超纯的女孩Yadiana(由Sease Caixia配音)、无忧无虑、非常男孩子气的Zhansaki Riya(由Murai Risha配音)和广播女孩August New Moon Selene(由Yedao Snow配音)。