前途一片渺茫，加上新近得知女友会泽由佳（前田敦子 饰）怀孕的消息，这个留着莫西干头的小青年终于决定停止乐队活动，回到阔别已久的家中结婚。经过漫长跋涉，永吉总算和由佳踏上了故乡的土地。他的爸爸田村治（柄本明 饰）现担任当地学校交响乐团的指挥，为人十分顽固。忤逆的长子回家，必不可少要爆发一顿争吵。所幸历经艰险，永吉还是熬到了举办婚礼的那一天。偏偏就在喜庆的最高潮，老父亲突然病倒了…… 不经意间，每个人都要面对生离死别。
所有的动植物都有哥斯拉细胞，成为“怪物星球”的地球。这里的国王是历史上最大的哥斯拉“哥斯拉地球”，高度超过300米。英雄庆南点燃了对哥斯拉的讨伐，他遇到了人类福图亚的后代。在Futuya的双胞胎姐妹Maina和Miana的指导下，庆南等人发现了哥斯拉的决定性武器——机械哥斯拉——的遗骸，该武器仍在扩散。他们使用构成残骸的纳米金属发射了武装堡垒城市的“机械哥斯拉城”，并挑战了“哥斯拉地球”。在这场战斗中，之前共存的外星种族之一比尔沙尔德和人类之间的裂痕逐渐显现。与比尔沙尔德领导人加尔格“如果你想推翻哥斯拉，你必须超越‘人’的存在”的信念相反，阳光人不能放弃“你不能为了推翻怪物而把自己变成怪物，你应该作为‘人’来打败它”的信念。最后，庆南放弃了击败“哥斯拉地球”的唯一机会，杀死了加尔格。另一方面，Haruna的青梅竹马Yoko也因Bilshard对人体进行的强制纳米化而陷入脑死亡状态。失败感和虚无感在人类中蔓延。另一方面，外星人，宗教种族Echever的大主教Metphis，主张哈鲁纳从战斗中幸存下来是一个“奇迹”，并因此增加了他的追随者。这是为了实现埃克塞特隐藏的“终极目标”。米安娜和美娜对这样的埃克斯维尔保持警惕。此外，庆南还问自己，作为一个“人”，应该做什么。很快，在无人能敌“哥斯拉地球”的地球上，覆盖着金色闪光的“基多拉”降临，惊天动地的超次元大战开始了。什么是“哥斯拉”？一个人应该做什么？庆南眼中的未来是。在最后一章中，一切都会明朗起来。
曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争终结后过了大约300年。 地球圈失去了至今为止的统治机构，在新的支配体系下，新世界被构筑起来。一时的和平到来，与此同时，远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。
