“新生篇章”的内容延续自第24集的内容：在第17使徒被消灭后，SEELE向NERV发出命令，要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而，秀吉并不同意SEELE的做法，并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为，并决定彻底消灭NERV。黎明时分，NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击，他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机，葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机，并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上，Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
这部电影改编自中岛恭子的同名小说。这本书告诉了他的父亲（山崎津男饰），原本是一名中学校长，在被诊断患有认知障碍后，是如何与妻子育子（松原知子饰）和两个心爱的女儿（竹内武内、青柳饰）度过下一次时光的。
之后，BUGS1搭载六名宇航员前往火星，目的是收集和运输生物样本。令六个人和全人类惊讶的是，火星上独特的气候导致生活在那里的蟑螂发生了突变。他们不仅拥有人类的体格，而且还发展出极强的攻击和作战能力。几乎在一瞬间，这六个人就被彻底消灭了。幸运的是，一只蟑螂的头部样本被送回了地球，科学家们在研究后决定将其称为“火星外星人”。令所有人惊讶的是，这种可怕的生物已经成为未来拯救人类的唯一希望。
