与沉默寡言的Ayanami（由Hyumi Lin配音）不同，Akira自信，甚至有些傲慢。在和真嗣在一起的那段时间里，她开了很多关于彼此的玩笑。他们分别驾驶零号、一号和二号飞机，抵抗了第八使徒的猛烈攻击。在这个过程中，一种淡淡的情绪在这三位年轻男女的心中悄然发芽。不久之后，第九和第十使徒相继抵达，真嗣和他的同伴们面临着残酷的生死考验。。。这部电影是新剧场版《福音战士》三部曲的第二部分。
山崎被误认为是劫犯同伙受到追捕，好不容易逃离追捕的山崎刚想松口气，手中拿着的刀子却不小心刺死了一名女美容师。他开始承受恐惧和自我谴责，后来又离奇地环境评估会上发表了一通长篇大论。 同时，他丢弃的头套引发了黑帮老大的死亡，失去组长后黑社会村田组势力削弱，三名成员无意中杀死了敌对派系的年轻头目。倒霉的山崎和黑帮分子们将如何解脱呢？
