新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
长得像婴儿一样可爱的里包恩（西萩五十铃 配音），真实身份其实是令人闻风丧胆的意大利黑手党杀手。他奉彭格列的第九代老大的命令，来到日本寻找彭格列的第十代老大沢田纲吉（国分优香里 配音），并把他培养成合格的接班人。
一段浪漫的恋情给两代人的生活带来了悲剧。Nobunaga Hiroko（长崎博美饰演）无法获得爱人的身体和心脏，被迫杀死了子宫里的孩子。在一个倾盆大雨的日子里，绝望的Xi和紫走进了他们爱人的家，带走了他们的小女儿蔡慧丽。
