为了防止犯罪团伙报复他,信义决定匿名并秘密追捕他们,希望能获得解药。有一天,新一的女友Maurilan来到阿里医生家,寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南,然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生,他们一起组织了一支青年侦探队,向罪犯宣战!
半空之中,漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”,那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔(种田梨沙 配音)与多萝茜(佐仓绫音 配音)穿梭于“知识之箱”之中,与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界,必须尽快予以消除。
她在那里遇到了来自冰山的美丽女孩Aoi Meisha,两人成为了伴侣。在与竞争对手竞争的同时,他们也在逐渐加深彼此之间的联系。