POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代~近未来的水准,与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外,所谓的未来城市也一样存在。与之平行的是,借助演奏“神曲”的精灵力量这样的技术体系也同时发展着。似乎在这个世界隐藏着极大的秘密,精灵和人类不知不觉就面临着真相揭晓的那个时候……
心怀梦想的亚丽莎经过不断的修业和努力,终于得到了试镜的机会,并有可能在恩底弥翁落成的庆祝活动中演唱。这一晚,当麻、茵蒂克丝和亚丽莎在夜归途中遭到史提尔率领的魔法师们的攻击。而学园都市秩序维持部队的介入,无疑标志着魔法侧和科学侧全面战争即将爆发。亚丽莎的体内究竟隐藏着怎样的力量和秘密…… 本片根据镰池和马(创作)、灰村清孝(插画)的轻小说改编。