故事发生在虚构的近崎市,那里有一个名为“月光”的间谍组织,由敏捷的女孩组成。每天晚上,女孩们的身影在月影下穿梭在城市的角落,守护着城市和市民的安全。犯罪组织“旺良”一直盯着近崎市,并一再入侵,使他们成为月影最大、最难对付的对手。
守一的父亲关山守三郎(西田敏行饰演)是非物质文化遗产“能乐”的推广人,在全国有一万多名弟子。守三郎非常渴望守一继承自己的事业,但他的个性是严格而刻板的。这对父子经常发生激烈的争吵,最终,守一一气之下逃跑了,在接下来的20年里,他一次也没有联系过父亲。
所有的动植物都有哥斯拉细胞,成为“怪物星球”的地球。这里的国王是历史上最大的哥斯拉“哥斯拉地球”,高度超过300米。英雄庆南点燃了对哥斯拉的讨伐,他遇到了人类福图亚的后代。在Futuya的双胞胎姐妹Maina和Miana的指导下,庆南等人发现了哥斯拉的决定性武器——机械哥斯拉——的遗骸,该武器仍在扩散。他们使用构成残骸的纳米金属发射了武装堡垒城市的“机械哥斯拉城”,并挑战了“哥斯拉地球”。在这场战斗中,之前共存的外星种族之一比尔沙尔德和人类之间的裂痕逐渐显现。与比尔沙尔德领导人加尔格“如果你想推翻哥斯拉,你必须超越‘人’的存在”的信念相反,阳光人不能放弃“你不能为了推翻怪物而把自己变成怪物,你应该作为‘人’来打败它”的信念。最后,庆南放弃了击败“哥斯拉地球”的唯一机会,杀死了加尔格。另一方面,Haruna的青梅竹马Yoko也因Bilshard对人体进行的强制纳米化而陷入脑死亡状态。失败感和虚无感在人类中蔓延。另一方面,外星人,宗教种族Echever的大主教Metphis,主张哈鲁纳从战斗中幸存下来是一个“奇迹”,并因此增加了他的追随者。这是为了实现埃克塞特隐藏的“终极目标”。米安娜和美娜对这样的埃克斯维尔保持警惕。此外,庆南还问自己,作为一个“人”,应该做什么。很快,在无人能敌“哥斯拉地球”的地球上,覆盖着金色闪光的“基多拉”降临,惊天动地的超次元大战开始了。什么是“哥斯拉”?一个人应该做什么?庆南眼中的未来是。在最后一章中,一切都会明朗起来。