原作者のモンキー・パンチが描いた少年期(ジャリルパン)からヒントを得る形で、13歳の中学生がいかにして大泥棒ルパン三世となったのかという始まりの物語が全6話で紡がれる。
1968年越前海岸三里浜,因不满老大安本富藏(西村晃 饰)独霸组织经营权,富安组•安本组若头川田登(松方弘树 饰)使用武力逼其交出游艇、赛马等行业的权力。交易虽然达成,但安本对川田恨之入骨。
故事发生在名为“昊陵学园”的武术训练学校之中。拥有悲惨过去的九重透流(松冈祯丞 配音)带着满心的愤怒和抱负来到此处就读,希望能够在这里磨练技艺,变得强大替死去的妹妹报仇。