C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。
那是整个“鹡鸰计划”开始的信号.被称为“鹡鸰”的108名可爱战士，为了寻找各自的主・葦牙，被放飞到人类世界睹上自己的信念，为了成为最后一只“鹡鸰”.“对不起，今年也失败了……”虽然来到了憧憬已久的东京，但是考大学失败，成为复读生的佐桥皆人。整天无所事事，也没什么亲密朋友，当然也不可能会有女朋友，是个所谓的心力交瘁者。而且在那一天，决定要第二次复读。在残酷的现实世界，情绪低落的皆人走在回家的路上。在他的面前，突然，一个美少女从天而降。她的名字是“结”。自称名叫“鹡鸰”的少女，选择皆人作为命运的对象“葦牙”。“我，为了大家而战斗！”皆人与结的羁绊，故事由此展开——这是，人与鹡鸰交织而成的一出新神话这是，由鹡鸰们展开的一场可爱的战记这是，与命运之人一起纺织而出的奇迹爱情故事“所有的一切，都是为了与所爱的人永远的结合......................
1989年，日本。乔纳森·乔斯达和迪欧决战一百年后，迪欧复活了。与此同时，约瑟夫的孙子近条太郎发现他有替身的能力，而迪欧的复活影响了对替身没有抵抗力的母亲，并陷入了危急状态；为了救他垂死的母亲，成太郎和约瑟夫出发前往DIO所在地——埃及。
