180年后,到了公元2356年,人类在地球、火星、土星、木星等各行星上都建立了巨大的宇宙基地,而为了在这些宇宙基地间建立有效的联络,在各行星之间还建立了许多太空站。在其中的一座空间站上有一座名叫“星之路”的宇宙学院,这座学院的任务就是培养有能力完成特殊任务的少年宇航员。本作的主人公片濑志麻就是这座学院中的一名学生。刚进入学院,片濑志麻和其他学员一样对新的学习生活很不适应,但同龄人之间的友情使大家都得到了不小的帮助,生活也渐渐进入正轨。片濑志麻还认识了一个名叫音山光太的男孩,两人很快就成为了好朋友。而且,一种朦胧的恋情也渐渐的在他们之间产生。平静的生活并没有维持多久,学员们开始接受严酷的训练,更有关系到地球存亡的重大任务让他们去完成,志麻和他的同学们能经受住这样的考验吗?
16岁的女孩幸田实果子(穴户留美 配音)有着一颗和刚强外表并不匹配的细腻内心,在不知不觉间,青梅竹马的男孩山口薰(山口胜平 配音)早就将它占据。可是,实果子好强的个性和不善于表达的缺点总是让两人之间的交往充满了误会。
Wille指示Akira(由Yuko Miyamura配音)和Shinri(由Masayama Sakamoto配音)夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji(由Keimei Ogata配音),但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意,跟随Ayanami(由Hyumi Lin配音)登上了突然入侵的9号航班,回到了千疮百孔的NERV总部。在这里,他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知,他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年,其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。