这一次,他们有了一个统一的目标——暗杀他们的班主任,杀死他们的老师(福山润配音)。杀死老师是一种神奇的存在。它的外表不是人类的,但它有极其敏感的神经和快速的反应。没有人知道它来自哪里,也没有人知道为什么它会成为E班三年的家庭教师。由于想要摧毁地球,杀害一名教师已成为暗杀名单上的高价奖励。作为E班三年的学生,只要你成功地消除了杀害老师的行为,你就可以毕业。于是,在这位神秘的老师的簇拥下,充满危险的日常生活展开了。
21世纪初,人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上,仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆,前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败,人类只得再度返回地球。
动画版每两周发行一次,第一版的下一周,配音演员的音频解说节目“神奇女孩核桃里最好的人”将在10分钟内播出。