纪元前,在中国西方的秦国,年轻的千人将·信曾与已故的好友有着「天下的大将军」这一共同的梦想,而至今仍以此为目标。 此时,秦国成功攻陷了军事上最重要的据点山阳,并由此向中华统一又迈进了一步。
由“国家组织CIRS”新设的特殊技能训练校“美滨学园”……因各种原因失去归所的少女们被交付的是,枪与实弹。使用手枪的玲奈、擅长狙击的桐花、炸弹与信息处理的克莉丝、负责谍报活动的忍者邑沙季。
50年前,打算成为真正怪物的犬夜叉为了获得四魂玉,遇到了强大的精神女巫桔梗。在一起呆了一段时间后,两人发展了关系。犬夜叉因此希望成为人类,桔梗也计划在净化四魂玉后回归普通生活。然而,对桔梗怀有邪恶想法的偷蜘蛛将自己的灵魂和身体交给了怪物,然后转世成为邪恶的半恶魔奈良。在他的唆使下,犬夜叉被桔梗封印在神木上,身受重伤的桔梗也在悲伤和绝望中死去。桔梗转世的卡格救了犬夜叉,但不小心把四魂玉射成了碎片。为了取回碎片,她和她的同伴,包括七宝、弥勒、珊瑚,以及犬夜叉一起踏上了一段充满困难和障碍的旅程