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平静的东京湾突然发生沉船事故。当人们还在怀疑海底火山是否爆发时，一只巨大的怪物从水中浮出水面，降落在城市里。日本政府领导成立了“不明生物大灾难省”，该省吸引了该国怪人的参与。

某五年制高专学校，可爱女孩叶泽里美（长泽雅美 饰）连续一个月旷课，还在制作的机器人上涂鸦。为避免暑期留校补习，她只得遵从机器人部的顾问图师隼人（铃木一真 饰）的安排加入机器人制作组，备战即将到来的机器人竞赛（Robo-Con）。