“我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界来的人、超能力者，就尽管来找我吧！以上。”这位就是在开学的自我介绍中，发言惊爆的凉宫春日。
某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中。
在高中毕业前的最后一个暑假，福山丰本（福山饰）和浮世绘（上田正树饰）仍然过着平静的生活，但他们的关系似乎没有进一步的迹象。在此期间，刘华的妹妹石华在意大利找到了一份工作，并决定举家迁往海外。
