在新的故事中，神秘动物学的组织“皇帝组织”将勇敢面对这只巨型怪物，强大的哥斯拉也将与门兹拉、拉顿及其死敌基多拉三王展开激烈对抗。当这些传说中的超级生物再次崛起时，他们将进行皇室斗争，人类的命运岌岌可危
传说世界上有一个吸血鬼，名叫“第四真祖”。他的力量足以控制凶猛的十二个头，而他性情的邪恶即将蔓延，使人类陷入绝望的灾难。为了找到并消灭即将到来的天启妖王，狮子王机制派遣了一个名叫姬童雪菜（由梨沙耕作配音）的新手剑巫女孩，给了她最强的武器灵魂枪，并命令她前往仙神城。让学财没有想到的是，传说中阴险恐怖的第四真祖师，他的真实身份实际上是一个名叫小谷城（细谷和夫配音）的普通年轻人，他就读于私立菜海学园高中，和大多数高中生一样，每天过着平静的生活。就这样，学财来到了小谷城的身边，充满惊险和曲折的“非日常”校园生活正式开始。
