久住直树（绿川光 配音）是一个拥有着灰暗过去的男孩，五年前，一场可怕的意外夺走了他的双亲令他成为孤儿，同时也带走了他的记忆。一天，直树在偶然之中看到了一位美丽的天使少女从天而降，哪知道第二天，这个天使以转校生的身份成为了直树的同学，她的名字叫做天崎美琴（草柳顺子 配音）。 在直树就读的莲美台学园，有着许多可爱的女孩。温柔贤惠的保健委员藤枝保奈美（神田理江 配音）、总是用无尽的耐心包容着一切的橘千寻（一美 配音）、性格活泼开朗的御宅美少女涉横茉理（梶田夕贵 配音），在这些女孩们的帮助下，直树能否渡过难关并且找回属于自己的记忆呢？
等待她的是什么样的好运？阿希一进入学校，就选择了她心爱的游泳系。没想到，没用的总管兼大臣冲普耀（冯永利星配音）是一只连水都不敢碰的旱鸭子。在游泳部门，阿石遇到了许多志同道合的朋友：强壮而有竞争力的小坂明（森田仁美配音）、身材矮小、长相年轻的森田实惠（清水爱配音），以及看似天真但非常好色的静冈美玲（福井由佳丽配音）。在Ashikaga的支持和鼓励下，冲普逐渐开始尝试他曾经非常害怕的游泳运动。他和Ashikaga之间的关系似乎不像部长和部门成员之间的关系那么简单。
卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々 配音）受命组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成，他命佐助（杉山纪彰 配音）前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。
