此版《源氏物语 千年之谜》由鹤桥康夫执导,不仅使用CG,还加入动作场面和科幻效果,制作费用高达十亿多日元(折合人民币7千8百多万),于2011年12月10日在日本全国公映。
为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉,他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式,将术师灵子化之后送回过去,只为阻止人类历史就此中断。 被扭曲的冬木圣杯战争,Saber(阿尔托利亚·潘德拉贡)黑化并杀掉Caster以外的所有从者顺道灭了整个冬木后在大空洞等待Caster的来临。这次战争的Caster为库·丘林,他个人表示如果职阶是Lancer就能秒杀黑Saber,因为主角,玛修和奥尔嘉玛丽的介入,成功停止了这场疯狂的圣杯战争,但Saber和Caster双双消失意味着这场战争没有人获得圣杯。关卡最后消灭了奥尔嘉玛丽灵魂的雷夫加上这次战争的Saber也认识Grand Order,到底是…?