此时，皇帝向萨摩藩、长州藩下达了讨幕的密敕，并紧接着颁布了王政复古的大号令。朝廷宣告了德川幕府的终结。对此承诺的庆喜移居大阪，新撰组也再一次以并非“浪士集团”而是“幕臣”的身份备战，将屯所移至伏见奉行所。 新撰组队士·市村铁之助，怀着对从以前开始就关系亲密的少女·沙夜的思念，以副长·土方岁三小姓的身份，与身为队医的好友山崎烝、兄长辰之助一起，准备共同迎来身为新撰组一员的命运，但……。 期盼成为武士而前往京都的年轻人们，为了能够衣锦还乡而向着战斗突进。即使最终迎来的会是悲伤的别离……。
将船只驶向目的地本应是一次安全的航行，但等待他们的是一系列危机。从教师船的突然开火、与其他失控的学生船的战斗、遇险船的救援活动等等，他们历尽千辛万苦，克服了这些困难，最终安全返回陆地，在成员之间形成了牢固的纽带。在经历了一个月的动荡之后，正在享受考试假期的清风班成员遇到了新的危机——清风班将面临解体。在清风成员受到极大震动的同时，他们再次团结起来，最终阻止了阶级的解体，进一步加深了联系。之后，在清风危机爆发三个月后，横须贺举行了一场“比赛赛”，包括吴、五和和和佐世保在内的海洋学校的所有女学生聚集在一起举办文化和体育节。Ming Nai和清风班的其他成员也聚集在一起，为欢迎仪式做准备。来自大和号、信浓号、济一号等超大型船舶的班级也齐聚一堂，正当各种表演和比赛如火如荼地进行时，一场新的“危机”正在向他们逼近！
