当她的尸体被小美彦（斋藤千和配音）和小仓由子（野中蓝配音）带回时，她的朋友鹿木元（玉木碧配音）感到了前所未有的悲伤和痛苦。听到初比（加藤秀美配音）神奇女孩的命运，她忍不住受到了前所未有的感动。在星子的建议下，小圆决定营救萨耶加，他们即将遇到最强魔女夜（水桥翔之配音）。关于女巫的未来和生活，他们走上了一条非常危险的道路。。。这部电影是《魔女》的剧场版，分三部分上映，由电视版12集改编而成。
故事的舞台在现代的东京。在这个世界中魔法使的存在被认为是很普通的事情。只要通过正式的办理手续，谁都可以成为拥有魔法的魔法使。虽然如此，但它和我们所住的世界还是没什么区别的。
在查莫斯大陆里面有一个哥达国，而他的统治者是国王胡加13世，在查莫斯大陆的南部，就是哥达国首都的背面，有一个小村叫做夷美拉村，在这个村里面，流传着一个特别的故事，一个关于怪兽的故事：原来所谓的怪兽，是一只会飞的、他的双眼会放出攻击光线、口会喷出烈火、而他的鼻子可以喷出毒气、他还可以使出无影拳打人、又可以使出无影脚踩烂地下、他的尾巴还会放出让白饭变坏的光线、而他最厉害的是好象臭鼬鼠般发出难闻的臭味，在夷美拉村的人就叫他咕噜咕噜，而且当他是可怕的魔神供养，绝对不希望他再出现。某一天在夷美拉村子里，四个小孩在魔法婆婆的圈禁加武力威胁之下听她讲那老套的关于魔王的故事：很久很久以前， 当时的国王仍然是胡加13世，有一个叫吉利的魔王使用黑暗魔法并召集了许多可怕的妖怪，在魔法战争中光明魔法也无法与之抗衡，于是国王就找到了同样使用黑暗魔法但是属于光明阵营的神秘族人帮忙终于封印了魔王。但是封印的效果只有300年，300年后，魔王将会再度复活降临世界。
