在不久的将来,曾经熙熙攘攘的东京因核电站事件而成为一座死城,成为世界上最大的鬼城。然而,即使在这片荒凉的废墟中,仍然有幸存者在这里徘徊。20XX年,三名没有任何辐射防护设备的年轻女孩出现在旧东京。
小智(松本梨花 配音)带着皮卡丘(大谷育江 配音),和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上,一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴(钉宫理惠 配音)的少女麦亚丽(中川翔子 配音)。胡巴能够制造出神奇的时空圆环,带领大家在不同的地点来回穿梭。
高中生加藤加藤(Odo Daisuke配音)和他的弟弟过着相互依赖的生活。一天,加藤加藤的地铁站遭到一名滥杀滥伤的凶手的袭击。为了救一个人,加藤胜信不幸地被几处伤夺去了生命。