人類と怪獣との長い戦いは終結し、平和が訪れた。そんな時代に、怪獣の魂を宿し、怪獣の姿に変身できる少女“怪獣娘”たちが現れる。彼女たちを集めて結成された特別組織“GIRLS”に、新人としてアギラ、ミクラス、ウインダムの3人が配備されることに。
港湾都市“里布拉市”。作为政治经济文化中心将城市中的“富”集结起来的“上城”,以及充斥着渎职和犯罪、人们不得不互相猜疑的“外围”,分隔这两个区域的巨大运河以及一座“桥”。由这些所构成,正可谓是将人类的“差别意识”表面化的城市。
通山零(由神木龙之介饰演)是国际象棋界公认的天才。年仅17岁的他已经成为一名职业棋手,在棋盘上击败了无数年长的棋手和许多对手。事实上,Zero有着悲惨的过去。