FAIZ将冲破黑暗，为这个世界带来光明。一个在不久的将来发生在某个国家的故事。在那里，世界上大部分地区已经被人类的进化形式——“再生使徒”所支配。在再生使徒之城，人类的存在是不允许被人类隐藏和生活的。其中，有一个叫远田真嗣的年轻女孩。
人们似乎回到了平静的生活，为了防止敌人再次横冲直撞，准备了巨大的萝卜并挑选士兵进行训练。有一天，这一天终于到来了，站在即将到来的敌人面前的队伍是特种部队Go Buster！！他们的战斗现在开始了！
这里的京城挂着白色的彩虹，随后又发生了各种各样的变故，人们被不安的心情所困扰。当时天皇朱雀帝因人心紊乱而心痛，天文学家加茂保宪下令解读中国秘传书金乌玉兔集，查明事件的原因。
