宁静祥和的空座镇迎来金黄色的秋天，黑崎一护（森田成一 配音）和朽木露琪亚（折笠富美子 配音）刚刚处理完虚作乱的事件，镇车站旁便出现成群的欠魂。它们四处游走，任何驱逐方法都失去效力。
拿着哆啦美（千秋 配音）带来的参观券，他们和静香（嘉数由美 配音）、胖虎（木村昴 配音）、小夫（关智一 配音）等好友来到22世纪。辉煌庄严的博物馆内，收藏着被称作“秘密道具之父”的哈尔德曼博士以来发明各代道具。在博士的孙子库尔特（三瓶由布子 配音）的引领下，小伙伴们见识了各种熟悉与陌生的神奇道具，体会到前所未有的快乐。而在此期间，怪盗DX的行动仍在继续，谁也不知道他真正的目的…… 本片为朝日电视台开播55周年纪念作品。
然而，在炼金术方面拥有极高天赋的爱德华（罗米·帕克配音）和阿方斯（奈宫丽姬配音）兄弟，由于对母亲的极度思念，不惜触犯禁忌。最终的代价是爱德华失去了一只胳膊和一条腿，他的兄弟阿尔方斯只能把他的灵魂附在一件巨大的盔甲上。两兄弟最终明白了一切，为了恢复并寻求更多的炼金术知识，他们成为了国家炼金术师，并踏上了寻找终极炼金术物品——哲人石的旅程。通过不断的探索，兄弟俩终于找到了这块哲人石背后的真相，对他们所处的军事化国家有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭。。。炼金术的未来在哪里。
