这个宁静的山村已进入雨季。村里的老伐木工人安克彦（石锁光司饰演）是一个保守的人，与儿子关系紧张。在上班的路上，他为新任导演田边敬一（小栗旬饰演）和来自东京的副导演带路，这让他参与了一部僵尸电影的外景拍摄。
独行杀手剑琢磨（千葉真一 饰）得到最新任务，他故意犯罪进入警察局，在众目睽睽之下杀害一名嫌疑犯，随后又成功杀害另一名携带金佛的外国人。他的大胆举动以及出色身手引起了警员山上七郎（島直樹 饰）的注意，他继续调查的想法未得到上层支持，于是辞职展开独立调查，并从师傅正武馆馆长政冈宪道（鈴木正文 饰）了解到琢磨的来历。 指示剑琢磨完成两宗命案的幕后黑手为龙虎殿堂主太田黑（田中浩 饰），他表面经营亚洲综合格斗中心，暗中从事非法活动。他邀请正武馆参与综合格斗中心的建设，在遭到拒绝后，太田黑转而要求琢磨杀害政纲。琢磨不愿谋害这位良师益友，他与太田黑正式决裂，于是不得不去应付来自各个流派、身怀绝技的杀手，更要面对他的宿敌志坚原楯城（石橋雅史 饰）……
某日，零邂逅了川本家的三姐妹——温柔体贴，擅长照顾他人的大姐川本明里（茅野爱衣 配音）、个性开朗乐观，非常不擅长料理家事的二姐川本日向（花泽香菜 配音）和还在上托儿所稚气未脱的小妹川本桃（久野美咲 配音）。三姐妹的出现让零再度感受到了家的温暖，找回了久违的快乐。与此同时，二海堂晴信（冈本信彦 配音）、三角龙雪（杉田智和 配音）和松本一砂（本村昂 配音）等强劲对手的出现，亦令零燃起了对将棋的热爱于斗志。
