就读于某国立大学的华（宫崎葵配音）爱上了一个不小心来上学的男人（小泽龙夫配音）。即使对方是狼人，她也毫不犹豫地投入他们的怀抱。在接下来的几年里，华生下了女儿小雪和儿子小雨。出乎意料的是，不幸突然降临，这位温和的丈夫去世了。
令人惊讶的是，Yukawa这次毫发无损，这激发了他对共平的浓厚兴趣。Yukawa通常一走近孩子就会出现皮疹。津原正树（吉村三美饰演）的尸体是在岸边的碎石场上发现的。他也是绿岩别墅的客人，来到玻璃池寻找一个名叫仙藤秀吉（Shiro饰演）的杀人犯。尽管人们对Tsuwara的死亡心存疑虑，但警方仍然认为这只是一次意外坠落。为了调查事件的真相，Kishiguri Meisha（Yoriko Yoshitaka饰演）和她的同事们赶到了玻璃池。令梅莎没想到的是，一向回避此案的汤川主动要求协助调查此事。
值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
