由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林, 期盼着自身的死,拒绝与他人的接触。 对于这样的他的存在怀有兴趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年侦探团’?”…… 小林与花崎。他们的相遇, 终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错, 并推动两人的命运……
在南国岛和英刚决斗后,E班成员和沙老师(福山润配音)的关系在3年内进一步缩小。尽管暗杀行动仍在进行中,但它似乎已成为师生互动游戏的重要组成部分。以茅野丰(Shozaki Ayama配音)为代表的学生们已经开始策划更令人兴奋的暗杀陷阱。