非常普通的高中生多华宫仄在大扫除时发现了被扔到垃圾桶里的布制玩偶，而就如那只布制玩偶上“晴天 有时 校舍从天而降”的文字一样，校舍的钟楼在头上向下倾倒，就在这个时候仄得到了他的同班同学——炎之魔女火火里绫火的帮助。以与她的邂逅为契机，多华宫仄和火火里的爆炎学园生活故事。 高中生多华宫仄在某次值日中发现了一个写着奇怪文字的布制玩偶，如同玩偶上的预言一样旧校舍的钟从天而降，就在这时，人气爆棚的邻座火火里绫火变身炎之魔女及时将他解救。自此以后，身份暴露的火火里便放弃了暗中保护的方式，开始积极介入宫仄的生活，没想到多仄再次遭到塔之魔女仓石蒲公英的袭击，所幸火火里将她驱逐，但没过多久仓石蒲公英就和自己的魔女同伴一同转入了宫仄的班级。
飞虎队B队队长阿强（杜汶泽 饰）在一次任务后遇到了前所未有的危机，上司（王敏德 饰）对其整个小分队表示失望，下属阿富（余文乐 饰）私下表示想要转到实力更强的A队。
14年前，第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击，在世界上引发了前所未有的动荡。之后，前NERV成员，如葛成梅丽（三石琴配音）逃离并建立了Wille，Wille反抗Seele和NERV。
