在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。
幕府时代末期，外忧外患，山川动荡。人民的生活很艰难，他们的生命不断受到威胁。年轻的心太被他善良纯洁的心所打动，成为了飞天剑流的大师。他被他招募来学习剑术，并改名为剑心。
熊思是一位大学哲学教授，他害怕面对水，完全不会游泳。有一天，他总是试图通过推动人与水之间的关系来避免沸水。在静香教练强行说服雄司加入的教室里，她开始和活泼的家庭主妇们一起学习游泳。静香说：“在水中生存比在陆地上更容易。”雄司因为害怕水而大吵大闹，但仍继续上课。出于某种原因，这家男性公司害怕水，开始了一进一出的一天。
