三年级的天野和美学姐驾驶技术高超、受人爱戴，被低年级学生称为“姐姐”。新来的教练太田先生来到学校，要挑选2名学生成为宇宙驾驶员。“姐姐”毫无悬念的入选，但缺少机器人驾驶经验的高屋法子竟然也入选了宇宙驾驶员！ 伴随着兴奋与疑惑，高屋法子开始了宇宙驾驶员的生活，但是令她始料未及的是，她的任务是驾驶机器人，与害死父亲的外星生物战斗。关系人类存亡的战斗责任，突然降临在少女高屋法子的身上，她的未来将如何谱写？
东城健庚（由中村裕一配音）是一个普通的高中生，一直过着与父亲相依为命的生活。有一天，他的父亲突然和他谈论妹妹的话题，而他父亲一向不落俗套的行为让简更加紧张。不出所料，他的父亲宣布了他再婚的消息，并带回了两个可爱的女孩，她们现在是林根的姐妹。
位于被群山环绕受到湿润气候恩惠的“钪纳村”也正在从战争的伤害中重新站起来，受惠于盛产的稻米。但是村里的人们却不能因为米量的丰渥而快乐起来。因为每年都会有黑色威胁“山贼”——过去再战场上风光一时的机械化武士们，数之不尽的席卷而来。战争终结之后的他们早已失去了生活的目的，转而成群结队的去蹂躏村庄抢夺稻米与女人。 抵抗即死--只知道耕作的农民们对于收获期的们的袭击除了无可奈何的接受之外，并没有其它生存下去的方式。对于在收获期之前前来视察稻米状况的山贼，康娜村的长老伪作倡导彻底抗战到底，不过村民们发出了反对的意见。但是伪作早就已经有击退山贼的妙计了，能够对付山贼的只有武士。 就这样血气方刚的少年利吉和分配水的巫女云母及小町姊妹代表村庄朝向沙漠另一方的村庄。虹雅渓展开旅程--对于自小生长在纯朴的康娜村的云母们而言，既杂然又人口众多的虹雅渓是个让他们好奇心与困惑感相互交杂的异度空间，为了拉拢武士所带来的米也被小偷给偷去。从小偷手中将米给夺还回来的是名为了修行而来到了虹雅渓的一个叫做胜四郎的年轻武士。虽然小町和利吉马上就想着要拉拢他，但云母却以“没有战场的气息”为由加以拒绝。 就在这时出现了一名云母一行人认为“就是他了”的武士，其名为勘兵卫，他将在街头上发生的斗殴事件一瞬间的处理完毕并离去。那耀眼的模样让云母直觉地认为他才是能够拯救村庄的真正的武士……
