Yoichiro（由Hino Free配音）和Miguel（由小野贤三配音）不愿向命运低头。为了抵抗，Yoichiro加入了日本帝国幽灵军，成为了月鬼集团的一员。在那里，Yoichiro遇到了特立独行的Shinshinoya（森佐佐助配音）、善良软弱的浅野洋一（冈本信彦配音）、温柔的俊月十方（石川杰人配音）和无忧无虑的三宫美也（井口由佳配音）。他们五人成了生死与共的战友。
“新生篇章”的内容延续自第24集的内容：在第17使徒被消灭后，SEELE向NERV发出命令，要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而，秀吉并不同意SEELE的做法，并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为，并决定彻底消灭NERV。黎明时分，NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击，他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机，葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机，并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上，Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
