2013年,一名来台湾学习旅行的女高中生肖兴喜被一种名为“进化入侵者”的突然怪物袭击。当军队完全无用时,神秘人作为超国家机构“DOGOO”的代理人出现在他们面前,继承了“伟大的灵魂”,并利用这一权力与“E基因持有者”作战。就在一个晴朗平静的日子里,哆啦A梦(水田山葵 配音)脖子上的铃铛意外被绰号DX的怪盗盗走。大雄(大原惠 配音)通过福尔摩斯套装中联想放大镜的帮助,发现未来世界的秘密道具博物馆有重大嫌疑。