巧合的是，与妹妹特尼特（佐佐木三泽配音）相依为命的杰（铃木大遥配音）在100年后来到了世界。杰震惊地发现他们以前的豪宅变成了一所学校。就这样，杰把自己的名字从匿名改为神功四高玛，开始在学校学习，同时寻找回到过去世界的方法。故事发生在一所名为第三届东京西弘NERV的学校，校长是严肃沉默寡言的德川一原（Tomohiki配音）。作为校长的儿子，日娜·真嗣（由绪方惠美配音）感受到了很大的压力。
