为了防止犯罪团伙报复他,信义决定匿名并秘密追捕他们,希望能获得解药。有一天,新一的女友Maurilan来到阿里医生家,寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南,然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生,他们一起组织了一支青年侦探队,向罪犯宣战!
然而由于人类社会的传史错误,查克姆被视为不祥之物的附身,遭到皇族的秘密追杀。女保镖巴鲁萨成为他的监护人,带着皇子在民间谋生,躲避杀害。 离水之精灵的卵孵化的日子越来越近,皇子的命运也越来越危机重重。精灵世界的土精灵食卵者正四处寻找守护人,将他撕开吃掉。年仅十几岁的查克姆和巴鲁萨建立起深刻的感情,彼此视为亲人。他们该怎么面对命运的考验呢?背负起责任,勇敢向前!