在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX，并展开了与克萊西斯帝国的战斗。在遥远的未来。人类正在一个被岩层包围的“圆圈”中挣扎求生。外面是一个巨大而危险的未知领域迷宫。那些冒着生命危险探索“迷宫”并在未知中留下已知印记的人被称为“标记人”。那个想成为标记的女孩，蒲美梅，那个想转行而不是成为标记的男人，只有爸爸。
