それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちは、その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、因縁の敵・アシ ュレイと激しい戦闘を繰り広げる。戦闘を見守るレイラだったが、突如アキトたちからの連絡が途絶する。必死の通信を試みるも、アキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける。戦力も無く、兵士もいないレイラたちの前に、聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りくる!wZERO部隊が絶体絶命の時、首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが決行される。E.U.政権を掌握したスマイラスは国民に宣言する。「レイラは死んだ」。シンの絶望、レイラの悲しみ、そしてアキトの怒りを飲み込んで運命の歯車が回る!
人类与怪兽之间的战斗,已是遥远的过去。 现在是宿有过去的怪兽之魂的少女“怪兽娘”出现的时代。 成为放晴GIRLS一员的阿基拉、米克拉斯、乌英达姆, 确实地有所成长,过着充实的每一天。 某天,传来了新种的“影”引发问题的情报。
所谓S•A班就是special A班,尖子班中的尖子班,只有全年级前七名的精英学生才能进入S•A班。但是光在这里依然打不败全年级第一的彗,还被彗戏谑地称作永远的第二名。除了彗和光,S•A班里还有第三名、第四名的天才音乐家的孩子山本纯(代永翼 配音)和山本芽(高垣彩阳 配音)双胞胎兄妹;第五名的学院理事长的儿子狩野宙(下野紘 配音);第六名的航空公司社长千金东堂明(生天目仁美 配音);第七名的体育用品公司社长的儿子辻龙(堀江一真 配音)。光一次次挑战彗的故事还在继续……