在《绝对零预防犯罪2》的开头，井上一树饰演的泽村一树的任务是“犯罪搜查系统的实用性”。该系统将分析公民的所有个人信息和国家监视器返回的图像。本季的故事将从官邸被释放进入紧急状态的场景开始，在涩谷、新宿和下关等地设置了最高级别的爆炸物，时间线将在几个月前拉开。参与搜查的本田毅饰演的小田彻进入正在搜查爆炸物的房间，发现泽村一彦饰演的井上持枪并流下了眼泪。在他面前的是一名被枪杀的妇女。
故事发生在1924年为圣瓦尔贵族子女开设的寄宿学校玛格丽特学院。来到学校后，转校生谷城一郎（也由Educhi Tuo配音）因其外表而被称为未知的“黑死病”。
