2008年に放送されたSFアニメ「マクロスF」の劇場版2部作の後編。2009年にロングランヒットを記録した前編「劇場版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新天地を目指して宇宙を旅する移民船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの生命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが織りなすドラマを描く。前編と同じ、テレビ版の総監督を手がけた河森正治が監督を務める。
27岁的上班族河地大吉（松山健一 饰）赶回家乡参加外公的葬礼，意外见到了外公的私生女——美丽而可怜的鹿贺凛（芦田爱菜 饰）。凛自然无法得到鹿贺家族的认可，却引起了大吉的关注与同情。最终，大吉将这个年仅6岁、尚在尿床的小阿姨带回东京独自抚养。
