《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
然而,他们从未放松警惕,培养了一代又一代操作被称为“守护者”的人形武器的司机。一天,一个住在地下的年轻人Tanikaga Nagato(由Ryuta Toyasaka配音)因饥饿爬到地上,偷大米被抓。后来,他在队长(大原雅史配音)的指挥下成为了《卫报》第628集试播的练习生,在那里他遇到了一个善良的女孩,名叫Shozaki Akira(Shozaki Aya配音),她在Kagose Izana(Toyozaki Aisheng配音)和傲慢任性的Hatefu Akihito(Sakurai Kohiro配音)等友好的第三性个体之前见过他。不久后,年轻人外出执行采集任务,甚至遇到了百年未见的陌生人士。沉寂已久的宇宙战争又一次开始了。。。这部电影改编自二平棉的原创漫画。
一个笨拙的女孩,名叫Tanaka Wang(由赤崎千夏配音),性格无忧无虑,能够迅速结识任何人。她看起来是一个骄傲可爱的女孩,但事实上,她是一个名叫菊池茜(平松配音)的死房子。