一位叛逆少女(广濑铃饰)的父亲(堤真一饰)因为公司内部的盗窃问题而伤透脑筋,因此决定要试用一款会让自己暂时处于死亡状态的药物,却没想到意外竟然发生了,父亲就快要死亡了! 每天希望爸爸消失的叛逆少女,这次被逼迫着要接下爸爸的事业,感受到庞大压力的女孩,最苦恼的就是要如何才能让爸爸再次回到他身边呢?
为了防止犯罪团伙报复他,信义决定匿名并秘密追捕他们,希望能获得解药。有一天,新一的女友Maurilan来到阿里医生家,寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南,然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生,他们一起组织了一支青年侦探队,向罪犯宣战!
十年后,由于他如此厌恶,他卷入了被称为“圣战战争”的魔术师之间的斗争,他投入了一场无休止的战斗,以重复童年时发生的痛苦。