並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……
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在女生及川步（皆口裕子 配音）的干预和撮合下，实果子和薰总算是相互表白了感情。步自己却也有难以解决的感情问题，一直暗恋着田代勇介（森川智之 配音）的她总是因为害羞和内向无法表达。其实，勇介并不是不明白步的心意，只是，在他的眼中只有中须茉莉子（冬马由美 配音），无奈后者一直对于前男友念念不忘。 在矢泽艺术学院里，这群青春洋溢的年轻人们笑着哭着爱着，肆意的挥洒着青春的光芒。无论前路有多么的波折，幸运之神一定会一直庇护着这些善良的人们的。
