小熊（雪野道配音）是一名就读于山梨县北都市一所高中的女孩。她在学校里性格内向，沉默寡言，没有朋友，而且一直是一个人。当小熊回到家时，他面对的是一个空荡荡的房间，没有任何亲人。就是这样一个孤独的女孩不小心买了一辆中世纪的摩托车。
神山健二和荒木真司拓展了标志性科幻系列《攻壳机动队》的视野，带领大家畅想2045年的未来世界。电子脑犯罪案件再次到来，身强力壮的人造人Suko Caosha带领公安九班查看并打击此案。
2010年，前小学生已经进入大学，太一、阿和等人走上了不同的人生道路（八神太一和石田大和将长大到22岁）。此时此刻，数字宝藏的研究人员Koji（松冈莫约配音）告诉他们，随着“被选中的孩子”长大，数字宝藏也会消失。
