《黑礁》第二季继承了第一季的故事内容,于2006年10月2日至12月18日在日本播出。在他的葬礼当晚,一名神秘女子拜访了因病去世的大学教授平川诚司(小田贤二饰)的妻子,但没有人。之后,广川大学的校长也突然去世,新校长的选举引发了一系列的怀疑和矛盾。奇怪的事情变得越来越普遍,甚至在周围的垃圾堆里发现了尸体。