立志成为一名考古学者的小狼和古楼国的公主－樱从小青梅竹马。两人虽然互有爱意，但是谁都没有勇气开口。一天夜晚，樱落入了由于为了获得樱所拥有的改变世界的力量而设计陷害他的飞王的阴谋，而失去了全部的记忆。变成羽毛的记忆也飞到了各个时空中。“Code Geass Rebel Lulu Xiu”的故事始于日本的“11区”，这些地区被神圣的不列颠帝国入侵并灭亡。渴望粉碎帝国的黑王子鲁鲁修和坚持正义的白骑士朱雀引发的巨大变化。
