夏天来临之际，病情一直很平稳的由美，晕倒在了学校里，此时的上条恰恰好不在她的身旁。之后，由美休了学，决定前往轻井泽疗养。本来只是为了完成任务的上条，在和由美的相处之中渐渐的真心爱上了这个单纯烂漫的可怜女孩，但这段感情注定是绝望的，要以死亡来做句读。
事实上，志士拥有夜之宠儿的特殊体质，可以在不知不觉中吸收外界散发的魔力，是一种非常罕见的物种。志实成为埃利亚斯的助手，利用他的超能力帮助他解决教会委托的任务。在这个过程中，埃利亚斯的温柔和体贴不断治愈了智慧世界的内心世界，智慧世界逐渐学会利用自己的能力改变周围的世界，让世界变得更美好。
心怀梦想的亚丽莎经过不断的修业和努力，终于得到了试镜的机会，并有可能在恩底弥翁落成的庆祝活动中演唱。这一晚，当麻、茵蒂克丝和亚丽莎在夜归途中遭到史提尔率领的魔法师们的攻击。而学园都市秩序维持部队的介入，无疑标志着魔法侧和科学侧全面战争即将爆发。亚丽莎的体内究竟隐藏着怎样的力量和秘密…… 本片根据镰池和马（创作）、灰村清孝（插画）的轻小说改编。
