鲁邦三世与次元大介为了得到秘宝“小小彗星”潜入东德洛阿。东德洛阿因为本国的著名歌手 玛尔塔在邻国西德洛阿被刺杀而与该国进入一触即发的紧张状态。鲁邦三世与次元大介成功得 到了“小小彗星”，但在逃走时，次元大介被狙击。 是谁狙击了次元大介？为了什么？看到穿过身体的子弹，次元注意到这与在西德洛阿被暗杀的 歌手的子弹是一样的。 次元大介与鲁邦一起来到墓地。两人惊讶地发现那里居然有“次元大介”的坟墓 ！ 从这个信息次元大介推测出犯人，那就是在暗杀前会提前为死者准备坟墓的奥崎，没人能从他 的暗杀下逃出。 鲁邦与次元两人潜入奥崎的秘密小屋，从一间房间的屏幕上看到了被囚禁的不二子！这时，奥 崎出现。 对决的时刻来到了。打破静寂的枪声！被打中的是——！ 再见了，次元……！
这个世界上有一个秘密组织，它选择将这个世界上无法被法律制裁的邪恶作为恶性肿瘤“清除”，并将其埋在黑暗中，名为“黑标签”。17岁的高中生三申兰作为该组织的一员，在巨大的犯罪面前挺身而出。
